Berberin hydrochlorid se používá hlavně pro léčbu gastroenteritidy, bakteriální dysenterii a jiných střevních infekcí, konjunktivitidy, supurativního otitis media a dalších účinných látek. Bylo také zjištěno, že blokuje alfa-receptory a zabraňuje arytmii. Má inhibiční účinky na Shigella, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Streptococcus, Salmonella typhi a Amoeba. Klinicky se používá hlavně pro střevní infekce a bacilární dyzentrii. Nedávno byl také zjištěn, že tento přípravek má účinky proti arytmii. Berberin má silnou protinádorovou aktivitu in vitro a in vivo a může indukovat diferenciaci buněk B16; má synergický účinek s cytarabinem hydrochloridem in vitro pro léčbu střevní infekce, oční dysenterii a jiných střevních infekcí, konjunktivitidy, je účinný supurativní otitis media.
